数学系成立于2001年，下设数学与应用数学一个专业。 几年来，在全系师生的共同努力下，2004年数学与应用数学专业被省教育厅批准为吉林省独立学院首批教学改革试点专业，2011年被省教育厅确立为吉林省“十二五”省级特色专业。先后有《概率论与数理统计》、《数学分析》、《高等代数与解析几何》、《数学教育学》四门课程被评为省级优秀课程，其中《概率论与数理统计》还被评为省级精品课程。

   在师资队伍方面：数学系现有教师19人，其中教授4人，副教授5人，讲师6人，助教4人；具有博士学位的2人，硕士学位的17人。现已形成了一支师德风范好、有着较强教学水平和科研能力的师资队伍。2009年数学与应用数学专业教学团队被省教育厅评为吉林省优秀教学团队。

   在人才培养方面：多年来，数学系一直把教学质量视为生命线，严肃教风、学风、考风。自2005年以来，已有多名学生考取了东北师范大学、广西师范大学、吉林师范大学等高校的硕士研究生，2009届毕业生考研率为13.33%，2010届毕业生考研率为15.38%，2011届毕业生考研率为14.29%；在全国大学生数学建模大赛中，获得国家二等奖1项、省一等奖3项、省二等奖3项、省三等奖6项；培养的毕业生一直受到用人单位的欢迎，就业率平均每年在90%以上。