| 承担的主科研项目
适应素质教育需要的中小学学科教学改革研究，全国教育科学“十一五”规划教育部重点课题。
农村基础教育课程改革实施现状与对策研究，教育部人文社会科学研究项目（农村教育研究所招标项目）
主要研究成果
1. 从教师专业知识状况看教师教育课程改革（赵冬臣，马云鹏）课程•教材•教法,2011.10:18-23。
2. New Patterns in Higher Education Cross-Cultural Learning: The Case of a Postgraduate English instruction Program in China. Zhu Hong, Ma Yunpeng, Front. Educ. China 2011,6(4),471-494.
3. 数学：“四基”明确数学素养—《义务教育数学课程标准（2011年版）》热点访谈（马云鹏 余慧娟），人民教育，2012（6）：40-44.
4. 从双方合作到三方合作：学校改进模式新探索—以鞍山市铁东区为例（马云鹏，欧路莎，金宝）中国教育学刊 2011（4）：25-28
5. 教师专业知识的测查与分析（马云鹏，赵冬臣，韩继伟），教育研究.2010（12）：70-76
6. 基础教育课程改革：实施进程、特征分析与推进策略（马云鹏）课程教材教法2009.4：3-9
7. 中学教师专业知识状况调查研究（马云鹏，赵冬臣，韩继伟，宋祥，赵晓光），东北师大学报（哲学社会科学版），2008（6），57-64。
8. 小学教育本科专业培养模式探究，（马云鹏，解书，赵东臣，李业平），高等教育研究，2008，4：73—78。
9. 新课程实施与教师专业发展的互动，（马云鹏，董静），课程教材教法，2008（5）：76—82。
10.小学生数学学科素养评价研究（马云鹏 孙艳君）东北师范大学学报（哲学社会科学版），2007年第2期，140-145。
11.基础教育新课程设计中的课程审议--一种实践理性的研究方式[J]（吕立杰 马云鹏）.教育研究，2005，（2）：71-76.
12.课程改革实验区追踪评估的最新报告[J]（马云鹏执笔），教育发展研究（核心期刊），2005，（5）：18-23.
13..课程内容选择的原则与倾向[J]（马云鹏，吕立杰），北京大学教育评论，2005（4）：95-100.
14.中国台湾地区中小学数学课程改革的特征（马云鹏 赵冬臣），比较教育研究，2004年第3期，44-47.
15.课程改革与学校文化重建（马延伟 马云鹏），教育研究，2004年第3期，62-66.
16.优质学校建构的取向、模式与策略（马云鹏 谢翌），东北师大学报（哲学社会科学版），2004年第3期，121-129.
17.基础教育课程改革的成就、问题与对策，（马云鹏 唐丽芳执笔），中国教育学刊，2003年第12期，35-39.
主要著作
1. 马云鹏主编，《小学数学教学论》（第三版），北京：人民教育出版社，2012年1月。
2. 史宁中、马云鹏主编.基础教育数学课程 –改革的设计、实施与展望[M].广西教育出版社.2009.12。
3. 马云鹏、孔凡哲、张春莉主编.数学教育测量与评价[M].北京：北京师范大学出版社.2009.11。
4. 马云鹏 孔凡哲主编：教育研究方法，长春：东北师范大学出版社，2006年2月。
5. 马云鹏等编著：优质学校的理解与建设，北京：高等出版社，2006年5月。
6. 马云鹏主编：《课程与教学论》，第2版（附光盘），北京：中央广播电视大学出版社，2005年6月。
7. 马云鹏 张春莉编著，《数学教育评价》，北京：高等教育出版社，2003年7月。
8.马云鹏著，《课程实施探索--小学数学课程实施的个案研究》，专著，东北师范大学出版社，2001年1月。
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